Saku Gümnaasium orienteerub tugeva üldhariduse andmisele. Kooli õppekavas on eraldatud lisatunde eelkõige põhiainetele.

· I kooliastmes on lisatunnid eesti keeles, matemaatikas,arvutiõpetuses, inglise keeles ja kehalises kasvatuses.

· II kooliastmes on lisatunnid matemaatikas, eesti keeles, inglise keeles, vene keeles, ajaloos, kunstiõpetuses ja arvutiõpetuses.

· III kooliastmes on lisatunnid eesti keeles ja kirjanduses, matemaatikas, inimeseõpetuses ja arvutiõpetuses. Alates 2010/11 õppeaastast komplekteeritakse progümnaasiumi klass, kus õpetatakse 7.-9. klassis matemaatikat osaliselt rühmades ning 8.klassis lisaks inglise keelt.

· IV kooliastmes on 2009/10 õppeaastal avatud kaks 10.klassi:

• reaalsuunaga klass, kus õpetatakse lisaks kohustuslikele kursustele täiendavalt matemaatikat, informaatikat, keemiat, inglise keelt, uurimistöö koostamist, tekstiõpetust ja kirjandust;
• praktilise suunaga klass, kus õpetatakse lisaks kohustuslikele kursustele tehnoloogiaõpetust, majandusõpetust, informaatikat, uurimistöö koostamist, tekstiõpetust, inglise keelt ja matemaatika AB kursust.

2010/11 õppeaastal on 10.klassis võimalik valida 3 õppesuuna vahel: reaalsuund, humanitaarsuund ja praktiline suund.

• Humanitaarsuunal õpetatakse lisaks kohustuslikele kursustele tekstiõpetust, kirjandust, inglise keelt, vene keelt, saksa keelt, filosoofiat, uurimistöö koostamise aluseid ja informaatikat.

Valikainetena on õpilastel gümnaasiumiastmes võimalik valida majandusõpetuse, joonestamise, saksa keele, matemaatika ülesannete praktikumi, füüsika ülesannete praktikumi, kirjanduse ajaloo, liiklusõpetuse, riigikaitseõpetuse, õigusõpetuse, filosoofia, etiketiõpetuse ja juhtimise aluste kursusi.

Saku Gümnaasiumis on A-võõrkeeleks inglise keel, mille õppimist alustatakse kolmandas klassis. B-võõrkeeleks on vene keel, mille õppimist alustatakse kuuendas klassis.